Surp Garabed Kilisesi’nin 1593’ten az önce inşa edilmiş olduğunu bir elyazmasından tespit edebilmekteyiz. Bir rivayete göre Kilise, cami yapımı için Üsküdar’a gelen Vanlı ve Muşlu ustalar sayesinde inşa edilmiştir. Bina Van’lı Rahip Zakarya’nın çabalarıyla 1617’de yenilenir. Kilise’nin üçüncü onarımı 1727’de Patrik Hovhannes IX. Golod zamanında Sarkis Kalfa’nın mimarlığında gerçekleştirilmiştir.
Kilise’nin karşısına Kudüs din görevlileri için inşa edilen bir manastır bulunuyordu. Kudüs Patriği Krikor Şığtayagir ise bu binaya yeni bölümler ilave etti. Sonraki yıllarda bu bina yıkılarak Kilise’nin doğusunda 1838 yılında Cemaran okulu inşa edildi. Bu binanın yanıbaşında duvarla çevrili büyük bir bağ da vardı.
Kilise 1844 yılında Patrik Asdvadzadur II. zamanında yenilenir, 1887’de ise kül olur. 1888’de Patrik Harutyun I. zamanında Madteos ve Apig Unciyan kardeşlerin hayırseverliğiyle kargir olarak yeniden inşa edilir. Kilisenin ön cephesinin sağında ve solunda yüksek ve taş yapılı iki çan kulesi bulunmaktadır.
Avlusunda üç çeşme olan Kilise’nin beş adet kapısı bulunmaktadır. Kilise’nin giriş avlusunun üstünde çift katlı bir galeri bulunmaktadır. Kilise’nin ön bölümünün sağında ve solunda ise şapeller bulunur. Bu semt 18. – 19. yüzyılda önemli bir kültür merkezi olmuştur. Patrik Golod İstanbul’daki ilk okulu Surp Garabed Kilisesi’nin yanında açmıştı.
Kilisenin son onarımı 2006 yılında gerçekleşerek Patrik Mesrob II. eliyle kutsanıp yeniden ibadete açılmıştır.
