751 yılının Safer ayında (Nisan 1350) doğdu. Asıl adı Şemseddin Muhammed b. Hamza’dır. Fenârî nisbesi hakkında kaynaklarda farklı görüşler bulunmaktadır. Bu nisbenin, Mâverâünnehir bölgesinde ya da Bursa civarında Yenişehir ile İnegöl yakınlarındaki Fenâr köyünden geldiğini söyleyenler bulunduğu gibi babasının fenercilik mesleğiyle ilgili olduğunu ileri sürenler de vardır. Kahire’de ondan icâzet alan İbn Hacer el-Askalânî’nin İbnü’l-Fenerî diye tanındığını belirtmesi, Zeynüddin el-Hâfî’nin halifesi İbn Gānim el-Kudsî’ye gönderdiği Arapça bir şiirinde kendisinden İbnü’l-Fenârî diye söz etmesi (Taşköprizâde, s. 27) babasının da bu nisbeyle anıldığını göstermektedir. Açık bilgi bulunmaması sebebiyle kaynaklar bu rivayetleri nakletmekle yetinmiş, Uzunçarşılı ise bir gerekçe göstermeden Yenişehir ile İnegöl taraflarındaki Fenâr kasabasından olduğunu kaydetmiştir.
Molla Fenârî, ilk öğrenimini babasının yanında tamamladıktan sonra İznik’te Alâeddin Ali Esved’in derslerine devam etti. Hocasıyla arasında geçen ilmî bir tartışma yüzünden oradan ayrıldı ve Amasya’ya gitti. Amasya’da Cemâleddin Aksarâyî’nin öğrencisi oldu ve 778 (1376) yılında kendisinden icâzet aldı. Ardından Seyyid Şerîf el-Cürcânî ile birlikte gittiği Kahire’de başta Ekmeleddin el-Bâbertî olmak üzere çeşitli âlimlerden şer‘î ilimleri tahsil etti; Bâbertî’den de icâzet aldıktan sonra Bursa’ya döndü. Yıldırım Bayezid tarafından Manastır Medresesi müderrisliği ve bunun yanı sıra 795’te (1393) Bursa kadılığı ile görevlendirildi. Bu vazifesini on yıl kadar sürdürdü. Ankara Savaşı’nın ardından Timur’un askerleri Bursa’yı ele geçirince, daha önce Yıldırım Bayezid’in esir alıp hapsettirdiği Karamanoğlu Alâeddin Bey’in iki oğlu II. Mehmed Bey ve Ali Bey hürriyetine kavuşmuş ve Timur tarafından Karamanlı ülkesinin yönetimine getirilmişti. Molla Fenârî de muhtemelen Mısır seyahati dönüşünde Konya ve Karaman’a uğradığında tanıştığı Mehmed Bey’le Karaman’a gitti. Orada on yıldan fazla bir müddet ders verdi. 817’de (1414) Bursa’ya döndü ve Çelebi Sultan Mehmed devrinde 818 (1415) yılında ikinci defa Bursa kadılığına getirildi. 822’de (1419) çıktığı hac seyahatinden dönerken Kahire’ye uğradı ve el-Melikü’l-Müeyyed Şeyh el-Mahmûdî’nin isteğiyle bir süre orada kaldı. Kahire’de bulunduğu sırada dönemin önde gelen âlimleriyle ilmî müzakerelerde bulundu ve ders verdi. 823 (1420) yılında Mısır’dan ayrılan Molla Fenârî, Kudüs’e uğradıktan sonra Bursa’ya döndü ve eski görevine devam etti. II. Murad tarafından 828’de (1425) müftülük vazifesine tayin edildi. Bu unvanı taşıyan kimsenin diğer ulemâya nisbetle önemli bir mevki işgal ettiği bilinmekle birlikte bazı kaynaklarda Fenârî’nin ilk şeyhülislâm olarak anılması, pâyitaht müftülük makamının XVI. yüzyılın ortalarında ulaştığı kurum hüviyetiyle kelimenin kazandığı “devletin bütün ilmiye sınıfının resmî mercii” anlamında düşünülmemelidir.
833 (1430) yılında yaptığı ikinci hac yolculuğunda da Kahire’ye uğrayan Molla Fenârî buradaki âlimlerle ilmî görüşmeler yaptı. Döndükten kısa bir süre sonra 1 Receb 834 (15 Mart 1431) tarihinde Bursa’da vefat etti. Hüseyin Hüsâmeddin, bazı vakıf kayıtlarına ve kitâbelere dayanarak Molla Fenârî’nin 838’de (1434-35) öldüğünü kaydeder (TTEM, XVII/19 [1928], s. 155). Cenazesi kendi yaptırdığı caminin hazîresine defnedildi. Öğrencileri arasında oğlu Mehmed Şah Fenârî, Şehâbeddin İbn Arabşah, Kadızâde-i Rûmî, Kutbüddinzâde İznikî, Kâfiyeci, Emîr Sultan, Molla Yegân ve İbn Hacer el-Askalânî gibi âlimler bulunmaktadır.
