Selçuklu Sultanlarından II. İzzettin Keykavus döneminde Ebül Kasım İbn-i Ali Eltusi tarafından 1249 yılında yaptırılmıştır.1547'de Kanuni Sultan Süleyman dönemi Aksaray Sancak Bey'i Hüseyin Bey tarafından tamir ettirilmiştir ve yakın geçmişte Vakıflar Genel müdürlüğü tarafından restore edilmiştir.

Cami-medrese kompleksi yapılar içinde döneminin son örneğidir. Mevcut minare 1901 yılında ilave edilmiştir. Ebül Kasım'ın mezarı Tokat'tadır.

Dikdörtgen şeklindeki yapının güneyinde cami, kuzeyinde revaklı avlulu medrese yer almaktadır. Cami esas itibarıyla Anadolu Selçuklular devrinde görülen ve gelişen, derinlemesine yönelen plan tipinde inşa edilmiştir. Mihrab duvarına dik uzunlamasına planlı, cami tipinin bir avlu etrafında medrese ile kaynaştırılmış nadir örneğidir.

Cami ile medresenin girişleri her ne kadar ayrı ise de içeride harim ile medresenin avlusunu birbirine bağlayan geniş bir açıklık bulunmaktadır.

Hüseyin Bey’in mezarı, ilk olarak Hacı Kılıç Camii’nin doğusundaki yolda yer alırken, daha sonra minarenin yanına taşınmıştır. Mezar kitabesinde kendisinden “Aksaray Mirlivası Sinan Bey oğlu Hüseyin Bey” olarak söz edilir. Bu bilgi, bazı tarihçilerin yaptığı yanlış okumaları düzeltir: Hüseyin Bey, Kayseri’de kalıcı eserler bıraksa da görev yaptığı yer Aksaray’dır. Onun bu şehirle olan bağı, muhtemelen aile kökenlerinden veya dini/sosyal aidiyetlerinden kaynaklanmaktadır.