Tarihi kent merkezinde kalenin güneyinde yer alır. Akdere ve Kanlıdere’nin (Uzunoluk) birleştiği noktada yer almasından dolayı bu isimle anılır. İnşa kitabesi bulunmadığı için tam olarak yapım tarihi belli değildir. Arşiv kayıtlarından caminin Alaüddevle Bozkurt Bey’in Ekmekçibaşısı Hacı Ali Ağa tarafından 1490-1515 yılları arasında beyliğin son dönemlerinde inşa ettirildiği anlaşılmaktadır. Minare’nin, kaidesinde bulunan kitabeye göre camiye sonradan 18. yy sonlarında eklendiği bilinmektedir.
Önünden geçen işlek yolun sürekli yenilenmesi neticesinde cami yol seviyesinden birkaç metre aşağıda kalmıştır. Bugün cami avlusuna merdivenlerle inilmektedir. Külahlı, tek şerefeli ve şerefe altı süslemelerinde kullanılan seramik tabakları ile gösterişli minaresi ile ön plana çıkan Boğazkesen Camii, son olarak 2015 yılında onarım geçirmiştir.
